Tapadh leibh airson tadhal air Nature.com.Tha thu a’ cleachdadh dreach brobhsair le taic CSS cuibhrichte.Airson an eòlas as fheàrr, tha sinn a’ moladh gun cleachd thu brobhsair ùraichte (no cuir à comas Modh Co-chòrdalachd ann an Internet Explorer).A bharrachd air an sin, gus dèanamh cinnteach à taic leantainneach, bidh sinn a 'sealltainn an làrach gun stoidhlichean agus JavaScript.
Sleamhnagan a’ sealltainn trì artaigilean gach sleamhnag.Cleachd na putanan air ais is air adhart gus gluasad tro na sleamhnagan, no na putanan rianadair sleamhnag aig an deireadh gus gluasad tro gach sleamhnag.

Tuairisgeul toraidh

Tiùban coil stàilinn 347L, ìre stàilinn: SS347L

Bha sinn a 'cuimseachadh air dearbhadh crios-nota de nobhail de lìonraidhean pròtain HLA-HMAGRO1) a' cleachdadh co-bhonnachadh agus an sgrùdadh eile a 'cleachdadh modaladh daineamaigs moilecular.Bha am modamachadh de daineamaigs a 'phròtain iom-fhillte a' nochdadh grunn làraich eadar-obrachadh a bha a 'nochdadh na h-eadar-obrachaidhean a chaidh a chomharrachadh ann an co-dhùnaidhean a chaidh a chomharrachadh ann an toraidhean Clàran.Còmhla, bidh sinn a 'taisbeanadh sgrùdadh pìleat de Chlman gus leudachadh a chomharrachadh le Interferon, agus a' coimhead air adhart ri cleachdadh nas fharsainge de dhiofar eadar-obrachadh a 'tumòn.
Ann an daoine, tha 13 fo-thpan-droma aithnichte, a h-uile cruinneachadh air cromosome 91. Gu h-iongantach, cha deach ach IFNα2 a sgrùdadh airson cleachdadh clionaigeach.O chionn ghoirid, chaidh aire shònraichte a phàigheadh ​​airson sgrùdadh air fo-thaic eile IFNα.

Tha ISGS mar chnàimh-droma an t-siostam dìon inneach, gu sònraichte mar fhreagairt do ionnsaigh viral.Taic saidheansail 15, 16.

Feumaidh ginean a tha an sàs ann a bhith a 'freagairt ri pathogens atharrachadh gu sgiobalta eadar staid fois agus stàit de tar-sgrìobhadh gnìomhach.Nuair a thathas a 'beachdachadh air daineamaigs an urrais agus ùine a bhith a' comharrachadh a 'chomharra interneron, (I) na iom-fhillte as àirde a tha a' soidhnigeadh agus a 'glacadh na h-eadar-obrachaidhean sin air a mhapadh ann an àite 3D?
Bidh DSS a 'cur bannan covalent eadar fuigheall pròbaill pròtainean agus / no iom-fhillte ann an Vivo.A 'cleachdadh na dòigh-obrach seo, tha sinn air grunn iomainte pròtain iomraidh pròtain a tha air a bhrosnachadh le interfeartein.
Is e ceallan flo-1 aon de na modalan Vitro de esocarcninoma esocarcninoma Esimic mar a tha iad a 'nochdadh prìomh fheartan esophagean Timorphale ann an tumors22,23.Còmhla, tha am dàta sin a 'nochdadh gun gabh modail cealla a chleachdadh gus sgrùdadh a dhèanamh air freagairtean iomlaid.
Freagairtean Pròtain Eadar-dhealaichte freagairtean ann an ceallan flo-1 às deidh làimhseachadh IFNα.(B) Gels DDS-Duff WACTSE DACHAIGH DÙTHCHAS CELD OILE Às deidh tar-cheangal le DSS airson amannan agus cruinneachaidhean.
Gus an t-sealladh eadar-obrachaidh pròta a ghlacas an inula a ghlacadh, chleachd sinn DSS, neach-ionaid tar-sgrìobh-ceangail gu farsaing mar thoradh air a 'ghealladh membran àrd agus ùine freagairt an ìre mhath goirid.Tha an ùine ath-aithris nas giorra a 'cuideachadh le bhith a' cur casg air cruthachadh roinnean mòra de phròtagan translinked, mar sin a 'cumail suas seasmhachd a' chrann a 'chrann-thinn-cuid.Gus an dùmhlachd DSS as fheàrr a dhearbhadh agus a bhith a 'seachain cus crois-thinneadh, an toiseach, agus rinn e an cealla an-toiseach airson 5, 5, agus 30 mionaid, agus rinn iad mion-sgrùdadh air na lysates le sDSSSsie Sals-Pued-duilleag (dàta nach eil air a shealltainn).
Chaidh na seòrsaichean tar-cheangailte a chomharrachadh bhon spectra fhaighinn a 'cleachdadh a' phrògraim Sim-XL, agus chaidh todhar fa leth a chur còmhla ann an lìonra iom-fhillte a 'cleachdadh pìoban bathar coimpiutairte28 agus Sim. 2).Tha Sim-XL a 'comharrachadh eadar-obrachaidhean Pròtain-dìon Pròtain, slabhraidhean a-staigh agus slabhraidhean fa leth ann am measgachadh pròtain sìmplidh no a' toirt seachad sgriobtaichean airson a bhith a 'bruidhinn air eadar-obrachadh ann an structaran pròtain.Chaidh grunn eadar-obrachadh agus iom-fhillte prògarrach pròtain ath-sgrùdadh a chomharrachadh, agus chaidh seata ùr de thaic a sgrùdadh a 'cleachdadh atharrachaidhean co-mhilleadh (MD) a' cleachdadh modaladh moilecular (MD). 2) 30, 31.
Tar-shealladh sgeama sgeama air a 'mhodh aig a' Chluich.Chaidh na sampallan tar-cheangail a sgrùdadh le bhith a 'cleachdadh mòr-spactrometer orbitrap agus samplachadh eile airson briseadh-mhilleadh pegside rè lc-ms / ms.Chaidh dà dhealbh ceangailte a chomharrachadh bhon spectra fhaighinn a 'cleachdadh inneal aithne speactram den phrògram aithne treunsaichte (Sim-XL), agus chaidh a h-uile todhar a chur còmhla ann an lìonra iom-fhillte a' cleachdadh pìoban coimpiutaireachd a 'cleachdadh pìoban coimpiutaireachd.Ghabh grunn eadar-obrachadh mòintich pròtain ùr àrd-dhathte a chaidh a dhearbhadh a thaobh a bhith a 'cleachdadh co-dhùnadh co-bhonn, agus chaidh atharrachaidhean co-dhùnadh a dhèanamh anns na h-iom-fhillteichean le bhith a' cleachdadh modaladh moilecumular (MD) Modaming.
Chaidh ~ 30,500 agus ~ 28,500 pepites a lorg a 'cleachdadh maxquant ann an sampaill IFCIT neo-sheasmhach agus brosnachail (bòrd leasachail S1, Fig. 3a).Sheall an sgaoileadh fad na pecheid anns gach cùis cuibhreann nas àirde de stuthan nas motha, a 'nochdadh gu bheil iad a' dèanamh piseach air piseach air piseach air piseach air piseach air piseach air piseach air (Fig. 3b, c).Sheall mapadh pròtain aghaidh an aghaidh log2 an dian gu robh pròtanan clasaigeach interfered an coimeas ri sampaill gun làimhseachadh, IS2 / 3, DDX58, agus HLA-F (Figear 3d).Mion-sgrùdadh air slighean airson pròtanan Barrachd air trì-fhilleadh a chaidh a bheairteas do stòr-dàta frith-neach-cunntais a 'cleachdadh an t-slighe shoitheach aca, b' e an taisbeanadh Antigen no an neach-gleidhidh antigen medilte sin (Figear 3e).A bharrachd air an sin, chaidh ceanglaichean tar-cheanglaichean pròtainy agus serine a chomharrachadh bhon toiseach a fhuair MS / MS Spectra a fhuair MS / MS Spectra a chaidh fhaighinn bho thùs a 'cleachdadh Sim-xl.

Thathas a 'clàradh gu math le mealed le meadhan-inntinn eadar-mheadhanach gu dona mar a cho-dhiù mar a cho-dhiù mar a cho-dhùineas iad ann an raon farsaing de dhleastanasan bith-eòlasach.Gu h-inntinneach, dh 'ainmich sinn lìonra a' toirt a-steach MX1, USP1, Robo1, Robo1, agus Stait1 Pròtain IFNα, Figear 4, Clàr S2) 32,33,33,34.Nas cudromaiche, chaidh na h-eadar-obrachaidhean sin a lorg anns a h-uile triplictes a tha air an làimhseachadh le IFNα agus cha deach a lorg ann an sampaill gun làimhseachadh, a 'moladh gun deach an cruthachadh gu sònraichte mar fhreagairt air làimhseachadh IFNα a-mhàin.Tha fios gu bheil stait1 a 'riaghladh cur-sgrìobhte air dòigh-sgrìobhte nan isgaichean sin, ach cha deach an eadar-obrachadh a thaobh isgs aig ìre pròtain a sgrùdadh.Bidh na h-α-Helitas seo a 'cruthachadh structar Helix Helix a bheir seachad raon uachdar Hydrophilic sa mhòr-chuid airson eadar-obrachadh a bhith a' tachairt 35.
Tha fearannaichean de dhiofar-aithne air an comharrachadh leis an dath aca air an comharrachadh leis an dath aca, Dynamin_n (73-247), agus GED (569-6660).Uas3 raointean: Oas1_C (160-344), Oas1_C (550-872), agus Oas1_C (903-108).Fearann ​​RobO1, IG_3 (67-151), I-Set (170-252), IG_3 (354-529), FN3 (562-646), FN3 (678-758) agus FN3 (777-864).Stait1 Citichean: Creideas (2-120), Stait_alpha (143-30-4557), agus State1_taz2bind (715-739).Chaidh an stairsneach tar-cheangal a shuidheachadh aig 3.5.Anns a 'mhòir, tha an stairsneach sgòr thar-cheangal air a shuidheachadh gu 3.0.Stat1 (PDB ID: 1bF533) agus Oas3 (PDB ID: 4s3n34).Prògram.
Chaidh dà isoformans de USP18 a mhìneachadh ann an daoine, pròtain làn-ùine a tha gu ìre mhòr suidhichte anns an niuclas, agus isop17-SF, a tha air a sgaoileadh gu cothromach anns an cytoplasm agus nucleus 36.Bha a 'mhòr-chuid de na h-eadar-obrachadh a chaidh a chomharrachadh san sgrùdadh againn a' liostadh a 'phròtain, a' nochdadh gun gabh na h-eadar-obrachaidhean sin làn-ùine (Figear 4a, d) agus mar sin a 'nochdadh mar sin anns an niuclas.Tha làrach ceangail IFHACH2 suidhichte eadar CEISTEAN 312-368, agus gu sònraichte, chan eil gin de na pròtanan anns an sgìre toinnte don sgìre iom-fhillte (Fig. 4A) 37,38.
Buinidh Robo1 don imnonglobulin (IG) de mhoolecules transmembran agus tha còignain IG a 'tighinn faisg air raointean ISG agus trì fn) ann an sgìre Easccecelular.Tha sgìre a bharrachd a bharrachd a chaidh a thoirt a-mach à bith agus aon tar-chuir tar-ghnèitheach aon-structar 39. Tha sgìre intracellular gun structar suidhichte aig an C-Termine agus ann an creideas agus a tha ann an butifion sreathan buadhach ceangalte39.Lorg sinn gu bheil eadar-obrachadh MX1 le Robo1 tro IG, FN, agus fearann ​​intracellulmhor, agus an C-Termin of Robo1 (Fig. 4a, e).
Tha Teaghlach OIlig (Oas) a 'gabhail ri Teaghlach Pròtain, Desrna (DSRNA stèidhte, agus a' sìor atharrachadh 2 ', Olnoadenylates (2-5 mar) 40.Chaidh a lorg am measg an triùir Oass, Oas3 a tha a 'taisbeanadh an ceangal as àirde airson DSRNA agus a' co-chur an ìre as lugha de 2-5 mar as urrainn dha RNSe L agus mar sin a 'lughdachadh ath-riochdachadh Viral 41.Chunnaic sinn gu bheil fearann ​​OAS3 OAS3 le CCD agus sgìre bheag snaim eadar SLI agus Stad1 TAD (Figear 4a, F).A bharrachd air an sin, tha an raon N-Permernal MX1 ag eadar-obrachadh gu farsaing le seòmraichean di is diai de Oas3 (Fig. 4A).
Tha pròtanan MCX mar phàirt de theaghlach mòr de dynein-coltach ri gtpos GTPASE a tha a 'meudachadh GTP, agus zipper gu h-àrd a tha ag obair mar GTPASe (LZ ).Fearann ​​Euirte Domaine Domain25,43.Sheall scrs dà hybrid a chaidh aithris gun cuir thu PAS1-co-cheangailte ri pìoba1 pìoba1 le bhith a 'cur bacadh air gnìomhachd Dna-meadhan-aoisean agus cuideachd tha Sulomo E34,45 ann an gnìomhachd ligaease.An seo, tha sinn a 'sealltainn gu bheil na ceanglaichean MX1 sin gu Que1 (Figear 4C, D), ge-tà ciamar a tha an eadar-obrachadh seo a' toirt buaidh air gnìomhachd gine le daingeann mar fhreagairt do IFNα.
Bidh e ag eadar-obrachadh le rig-i agus bidh i a 'cur an gnìomh a chomharradh ann an dòigh a tha gu math sònraichte 46. Tha DDX60 air a dhèanamh suas de àrainn is H-Box Helsae a tha a' ceangal Halical Rna agus DNA47.Air an toirt còmhla, tha an dàta againn a 'moladh a tha IFIT3 agus DDX60 ag eadar-obrachadh gu h-àraidh eadar TRP 3-6 de IFIT3 agus dh' fhaodadh e pàirt a ghabhail ann an soidhne RIG-i / Mavs (Fig. S2F).
Anns an mac-samhail seo, lorg sinn grunn lìonraidhean eadar-dhealaichte earbsach airson HLA-a.Mar sin, bha sinn a 'cuimseachadh air sgrùdadh a dhèanamh air eadar-obrachadh pròtain Mholainn Molecules le ìre àrd de mhisneachd anns a h-uile sampalachadh tar-cheangal.Tha HLA air a dhèanamh suas de α1, α2 agus α3 agus slabhraidhean aotrom, agus meanbh-sgollaidh Β2 (Β2m) na Phrògasta caibeil 49.Aon uair 's gu bheil iad a' cruinneachadh ann an resiculum endoplasmic, tha HLA neo-sheasmhach às aonais ligands ceithir.Tha an groove ceangailteach peptined air a chruthachadh leis na raointean mòra polymorphic agus gun structar ann an cruth neo-peptic agus an àrainn gu math polymorphic α351.An làthair IFNEα, lorg sinn dà dhealbh-dhealbhadair HLA-AONN: Tha aon eadar-obrachadh le HMG1 agus H2B (Figear 5, LRCH4 agus H2B (Figear 6).
(A) Cuilbheart 2D (air a ghineadh ann am bathar-bog Sim-xl) A 'nochdadh diofar sheòrsaichean eadar-obrachaidhean HLA-HLA-HMSGA1: Indlink (dearg) agus ceangal singilte (dubh)..Tha fearannan diofar dearbh-aithne Ceud32: H2B (HITEF; 2-102) agus MHC-I (30-290 agus mc_I_C; 337-364).Chaidh an stairsneach tar-cheangal a shuidheachadh aig 3.5.Bha na structaran sin air an dèanamh le bhith a 'cleachdadh frithealaiche Phyre2 (http://www.bg.byne.ic.ic.ic.ic.ic.ic.ic.ic.ic.uk/Act29, 1KJ349 agus 2EZE55, fa leth.
(A) intramumlecular (dearg) agus intermolecular (gorm) a chaidh a thaisbeanadh air mapa eadar-ghnìomhach 2d (air a chruthachadh ann am bathar-bog Sim-XL) le MDN1 a riochdachadh mar chearcall.Chaidh an stairsneach tar-cheangal a shuidheachadh aig 3.5.Tha raointean de dhiofar dhearbh-aithne Ceud32: h2b (hisiverle; 2-102), 25-203, 2537-364) 337-364) 337- (68-126), LRR_8 (137-194) agus Ch (535-641)).Chaidh na structaran sin a dhèanamh le bhith a 'cleachdadh frithealaiche Phyre2 (http://www.bg.ic.ic.ic.ic.ic.ic.ic.ic.uk/IclIr22 airson pròtanan H2B, HLA-a, Lrch4 agus MDN1, fa leth.
Tha a 'mhòr-chuid den eadar-obrachadh le H2B a' tachairt ann an α1 Helix, a tha a 'toirt seachad tro heterodimer HFD (Fig. 5A, b).Ann an làthaireachd bhìorasan DNA, casg dìleachadh H2b casg I2b IFN-Β cinneasachaidh agus CMPSHARYSTORATIALS.Thathas ag iarraidh air H2B gluasad a-steach agus a-mach às an niuclas nas luaithe na prìomh fhacrsaidean eile54.Chaidh eadar-obrachadh H2B le MDN1 agus LRCH4 a choimhead cuideachd ann an sampaill gun làimhseachadh.Lorg sinn gu bheil HLA-a h-eadar-obrachadh le H2B anns na trì sampaill a tha air an làimhseachadh le trì IFNα agus ann an aon sampall ath-aithris gun làimhseachadh.Tha an dàta sin a 'nochdadh àite H2B ann an gnìomh eòlas-eòlas eile neo-eisimeileach bho riaghladh tar-sgrìobhaidh.
HMGGA1 (Buidheann Glèidhc-chèile àrd At-Hook 1), nuclecroverin làn ann an galar a tha a 'brosnachadh galaran, air a chomharrachadh ann an co-bhonn ri HLA-a.Tha earball searbh-rianachd ann agus ghairm trì DBDan sònraichte ann an dubhan oir bidh iad a 'ceangal chun roinn aig DSDNA55,56.Thathas a 'creidsinn gu bheil an earball C-crìochnal ann an eadar-obrachadh Pròtain Pròtain agus fastadh factaran tar-sgrìobhaidh, leis chan urrainn dha mutants às deidh dha mutants tar-chur air maighdeanan targaid 557 a thòiseachadh.Chunnaic sinn eadar-obrachadh HLA-a agus H2B le HMG1 taobh a-muigh an t-suidheachaidh C C-cheann-cinnidh air a chleachdadh sa mhòr-chuid airson ceangal bàillidh tar-sgrìobhaidh (Fig. 5A, c).Tha addudan sònraichte air a thomhas eadar H2B, HLA-a, agus HMGA1 ri fhaicinn ann am Figear 5d.
Tha LRCH4 a 'riaghladh gnìomhachadh TLR4 agus LP Infduction Co-thuineachadh Cytokine, mar sin a' dèanamh am freagairt inneach 60,61 an aghaidh freagairt inneach60,61.Chaidh aithris air raointean-aghaidh Chòmhain eadar-obrachadh pròtain medin-pròtain 60.Tha pìos de chlann 300 amoo eadar na seòmraichean LRR agus CH an ìre mhath ruigsinneach ach.Gu sònraichte, cha robh gin den eadar-obrachadh a 'toirt a-steach an TMJ, a' moladh sònrachadh an dòigh-obrach a 'Bhèidh (Figear 6a, b).
Chaidh MDN1 aithneachadh cuideachd mar phàirt den lìonra pròtain HLA-a (Figear 6a).Buinidh e do theaghlach AAA air pròtaichean (atpass co-cheangailte ri diofar ghnìomhachdan).Is e seo an aon rud aon-cheann-cinnidh AAA a bhios a 'cur air dòigh a-steach do chearcall hexifemic agus a' toirt air falbh fear-dìon cruinneachaidh bho na 60an 64 RiboSomal.tha e coltach gu bheil e coltach ri Dynein64,65,66.A bharrachd air an sin, tha an sgìre asp / Gluds air an leantainn leis a 'mhicam fearainn (làrach meatailt iolaichte eisimeileach).Chomharraich sinn HLA-a, H2B, agus LRC4 mar chom-pàirtichean ceangail MDN1 agus Nochd an stiùireadh aca mar iom-fhillte ann am Pymol (Fig. 6a, b).Bidh na trì pròtainean sin ag eadar-obrachadh leis an AAAINAIN, an àrainninear lintain coltach ri dynein-coltach, agus is dòcha an dachaigh MDIA1.Ann an aithisg roimhe, tha aimhreineachd a 'brosnachadh phreasan biathaidh MDN1 mar phròtain co-cheangailte ri Hisnene H2B67.A bharrachd air an sin, thug sgrùdadh o chionn ghoirid cuideachd eadar-obrachadh eadar MDN agus HLA-b ann an HCT116 ceallan a 'cleachdadh gnè mòr-ghlan, a' toirt taic dhuinn ar co-dhùnaidhean68.Tha comharrachadh an iom-fhillte seo ann an sampaillean a tha air an làimhseachadh le IFNα a 'moladh àite airson MDN1 ann an comharran interfron.
Leis gu bheil HLA Genes gu math polymorphic, chaidh sinn a-mach a 'leughadh mapadh HLA-a, agus -b, agus -c bho RNA dàta a tha ra-1 de cheallan flo-1 (dàta nach eil air an sealltainn).Sheall seantans petchences a tha a rèir an leughaidh iar-ghealltainn eadar eadar-dhealachaidhean mòra eadar roinnean far an robh piseach air steitean tar-cheangal ann an HLA-a (Figear S3).
Chaidh eadar-obrachadh HLA-a thighinn le Endogenous MDN1 agus H2B anns an dà chuid le ceallan flo-1 (Figear 7, Figear S4).Dhaingnich sinn gun deach HLA-a a ghlacadh le H2B anns a 'bhana-bhomachd agus gun robh an comann seo air sgàth Làimhsich IFNEB ann an ceallan neo-làthaireach (figear 7a).Ach, tha an dàta againn a 'moladh gu bheil IFNα a' riaghladh ceangal eadar-dhealaichte HLA-a ceangal ri H2B agus MDN1.Bidh IFNα a 'toirt a-steach ceangal eadar H2B agus HLA-a, ach lughdaich a cheangal ri MDN1.Lorg sinn gu robh MDN1 co-cheangailte ri HLA-a ann an smachdan, agus lughdaich IFNα an eadar-obrachadh seo bho inntrigeadh MDN1 le IFNα (Figear 7b, c).Air an toirt còmhla, tha na toraidhean sin a 'toirt taic do eadar-obrachadh le meadhanan eadar-aghaidh HLA-a le H2B agus MDN1.
HLA-A Co-Planfies H2B agus MDN1.Riochdaire Endogenous H2B (a) agus MDN1 (b) Bha banachgan banachdach fliuch air ceallan flo-1 air an làimhseachadh(C) Tha suimean a tha càirdeach (cur-a-steach) de dhiofar antigens air an ainmeachadh le antibodies ainmichte, air a chleachdadh mar smachd luchdachadh.
Chleachd sinn mo mhodaladh daineamaigs Molecular mar dhòigh-obrach eile gus daineamaigean co-fhilleadh nan prònnsaichean a tha an sàs anns an togalach seo (Figear 8) a thuigsinn.Nochd fradharc air Pròtain Dealachaidh iomlaid grunn eadar-obrachadh agus dearbhadh a dh 'fhaodadh a bhith (Figear 5a, 8).Mar sin, tha aon chruth-obrach a dh 'fhaodadh a bhith air an sealltainn ann am Figear 8a (le ceanglaichean le bileagan) agus chaidh a mheasadh nas fheàrr a' cleachdadh loidhne-phìoban modail MD.A bharrachd air an sin, ceangaileadh H2B no HMG1 gu HLA-a bhith a 'tighinn gu prìomh thachartasan nas àirde H2B airson HLA-a (Fig. 8A).
Dynamics co-fhoillsichte lìonraidhean a dh 'fhaodadh a bhith eadar an H2B (H2bfs) - H2bFs) - H2BFs) - HMATA-HLA-HLA-HLA-HLA-HLA-HLA-HLA-HLA-HLATARANY HOVENSA.(A) Tha pannal clì na mhapa 2D (air a chruthachadh ann am bathar-bog Sim-xl) de thathar-bog Intramumlecular (Red) agus Intermolecular (Blue) air an suidheachadh 3.5).Tha an pannal clì as ìsle a 'sealltainn diofar ghoireachdan a dh' fhaodadh a bhith ann an iom-fhillte HLA-HLA-HLA-HLA-HLA-HLA-HLAY le diofar cheanglaichean ceangailte pròtain (GBVI / WSA; Kcal / Mol).Chaidh astar glacaidh H-Bund a bhith air astar gento-gotuff air a shuidheachadh gu 3.5 · agus chaidh ceàrnaiche artor-h-comon glacaidh Angoleoff Angle Angle atvels Angle Angoleoff Angle Angoleoff Angle Angtoff Angle an ceàrn ann an ceàrn ann an ceàrnachadh 20 °.(D) Fuirich le bileagan a 'cruthachadh eadar-obrachan pròtain pròtain, a' spangachadh ≥ 20 NS-A-H2B agus HLAY HMAG1.Tha structaran dìon a 'riochdachadh structar cuibheasach de 100 NS MS.Iom-fhillte / HMG1-HLA-a / H2b-HLA-HMAGGA1.Chaidh structaran dìonach a 'cleachdadh Studio Pr dìonach a' cleachdadh Studio Conconort (Dassaty Corp., Bith, Buidheann Obrachaidh Molecular (moe; Montreal, Canada) Pasganan.
Gu sònraichte, chaidh a lorg gun deach a-mach gu robh ~ 60-90 agus ~ 180-210 cho sùbailte an làthair H2B (Fig. 8b).Ceòladairean an sàs ann an Hydrogen Boreth (MD modh àrd de shealbhachadh le làraich eadar-obrachadh CLMS (a 'moladh gun tèid na ceanglaichean eadar-obrachaidh CLMS a dhearbhadh gu bheil an eadar-obrachadh a chaidh a chomharrachadh le CLPS gu math earbsach.Earbsachd (Fig. 8e).Ann an Clàran agus MD Mediagan eadar 190-210 agus chaidh timcheall air 200-220 neach-sròin AMino a cheangal ri HI2B agus HMG1 (Fig. 8e).
Eadar-obrachadh pròtain pròtain chruth lìonraidhean structarail fiùdail a bhios a 'meadhain conaltradh intracelargal mar fhreagairt do bhrosnachaidhean sònraichte.Leis gu bheil mòran de na modhan dìon a 'lorg atharrachaidhean anns an ìre stàite seasmhach seasmhach de phròtain, tha feum air innealan ceangailte airson eadar-eadar-aghaidh a ghlacas, agus tha Cles mar aon inneal mar sin.Tha an siostam comharran interneron na lìonra soidhne cytokine a leigeas le ceallan freagairt a thoirt do raon de chomharran pathological àrainneachd agus soidhnichean patherinsic, a 'tighinn gu crìch le fo-thoraidhean pròtanan interfronon.
Chaidh eadar-obrachadh eadar HLA-a, MDN1 agus H2B a lorg le miannachadh ann an flo-1 agus a549 a chaidh a làimhseachadh agus gun làimhseachadh le IFNα.Tha na toraidhean againn soilleir gu bheil iom-fhillte HLA-a 'dol sìos le H2B ann an dòigh IFNEX-SÒNRAICHTE.Tha ar n-obair a 'riochdachadh slighe inntinneach airson tuilleadh sgrùdaidh air co-sgìreil na dà iom-fhillte seo.Tha co-dhùnaidhean bho dhàta a 'Chlèir a' moladh comas air diofar mhionaidean de na H2bfs, Pròtain HMGA1 agus HMGA1.Air an toirt còmhla, faodar an dàta againn a nochdadh gus ar tuigse mu lìonraidhean comharran baign-bhrosnaichte internero a leudachadh agus bunait a dhèanamh airson siostaman intercelular nas toinnte a dhèanamh anns an neach-fulang a tha a 'dèanamh a-steach don mhiceongonment internerachas.
Goir.Chaidh ceallan a fhàs gu 70-80% comshence mus tèid a làimhseachadh le IFNα14 (air a dhèanamh le goireas riochdachaidh clò-riochdachaidh Dhùn Èideann).Chaidh a h-uile ceimigean eile agus chomhnantan ath-riaghlaidh a cheannach bho Sigma Aldrich mura h-eilear ag ràdh a chaochladh.
Chaidh an ath-bhualadh Tarslinking PBS a chuir na àite agus chaidh dreasan ath-fhilleadh a chuir air ais le bhith a 'cur 20 mm tris (Ph.B 8.0) ann am PBS airson 15 min aig 37 ° C.Chaidh ceallan a chruinneachadh le bhith a 'sgrìobadh agus air an cruinneachadh ann an tiùban ceangail ìosal (asairgen).
Chaidh na ceumannan ceud-chonsifugeadan a thaisbeanadh aig 14,000 XG aig 8 ° C.CentRifuge an lyseate airson 10 mionaidean agus gluais an superantat gu tiùb ùr.Chaidh na gràineanan soilleir a tha air fhàgail a sgaoileadh ann an 150 μl den dàrna bufair an dàrna lyis (2 m Urea, SDON DODCYL sDS no barrachd gus an d 'fhuaireadh fuasgladh toirmisgte aon-ìomhaigh.Bha an Lysate air a leudachadh airson 20 mionaid agus bha an superantat air a mheasgachadh leis an Lyseate a fhuaireadh sa cheum roimhe.Chaidh dùmhlachd Pròtain Pròtain a 'cleachdadh a' cleachdadh an Asray Micreos BCA (Termo Fisher Saidheansail) a rèir stiùireadh an neach-dèanamh airson modhan microplate.Bha na sampallan reòta gu sgiobalta ann an Liquid Nitrogen agus air an stòradh aig -80 ° C.
Chaidh timcheall air 100 μg de phròtain fo-cheangal croise soluble a phròiseasadh a 'cleachdadh protocol in-choileanaidh sampall (Fasp) mar a chaidh a mhìneachadh le WisnamieSki et al.69 Goirid, tha am pròtain air a thathar a 'dol troimhe le 200 μl de Buffer (8 M Utana ann an 0.1 M Tris, Ph Ph 8.5), Hortexed agus Halved agus Halved.Chaidh a h-uile ceum a chèile a thaisbeanadh aig 14,000 XG aig 25 ° C.Chaidh a 'chiad leth den Lysate prògate thar-cheangailte a ghluasad gu inneal sìoltachan centfifugal-10 (Merck), a' leantainn le centrifugation air an fhileag airson 25 mionaid.An uairsin cuir an dàrna leth den phròtain chun chrathadh agus a-rithist na h-aon cheumannan.Chaidh ath-bheothachadh pròtain a dhèanamh le bhith a 'cur 100 μl de 17 mm tris 17 mm 4 hydphine hydrochrideChaidh faighinn air ais a ghluasad air teirmmomixer aig 600 RPM airson 30 min aig 37 ° C.A bharrachd air an sin, bha an colbh air a oideachadh agus bha pròtain nas lugha ceangailte ri chèile a 'cleachdadh 100 μl de 50 mm de 50 mm ìodair ann an USA Bufer.Chaidh an ath-bhualadh Alkylation a dhèanamh aig teòthachd an t-seòmair airson 20 mionaid san dorchadas.Rothairich an colbh, nigh na ballachan colbh 3 tursan le 100 μl ure bufer, agus an uairsin crochte.Chaidh an aon obair a dhèanamh 3 tursan a 'cleachdadh 100 μl de 100 mm ammonium bicarbonate.Ro fheuchainn, cuir an tiùb a 'chumha còmhla ri fear ùr.Cuir bufair cladhach ris a bheil 50 mm ammonium bicarbonate agus 1 μl Trypssin air a sgoltadh ann am bufair trypsin (propega).Chaidh an co-mheas de fheuchainn gu pròtain a chumail aig mu 1:33, agus bha ath-bhuileachadh cladhach air an toirt gu crìch thar 37 ° C. ann an seòmar tais.Chaidh a 'phàtran tar-bhranndail a chur às a' chrìonadh le centrifugation airson 25 mionaidean.Chaidh ath-bheothachadh pasgad a leasachadh le bhith a 'cur 50 μl de 0.5 m Nacl ris a' chriathrag, agus an uairsin centrifugation airson 25 mionaid.
C18 Chaidh colbhan Micuice (Harvard Uppateus) a chleachdadh gus na daoine tryptic tryptic a tha ceangailte a-mach às deidh a 'phròtacal a tha BOCHAL ET al.70 le atharrachaidhean beaga.Goirid, chaidh colbhan snìomh c18 a chuir an gnìomh le trì cathraichean de 0.1% de searbhag-sgrìobhte 0.1% ann an AcetonitrIle (ACN) (Merck) agus dà nigheadaireachd de 0.1% Fa.Bha an colbh Hyddrated le 0.1% F airson 15 mionaidean.Luchdaich a-steach a-steach gu colbhan snìomh agus a 'nighe 3 tursan le 0.1% Fa.Bha na seòrsaichean ssalted ann an sreath de chaorade ceum a 'cleachdadh 50%, 80% agus 100% ACN ann an 0.1% Fa.Chaidh na samples a thiormachadh ann an co-chòrdail (Eppendorf) gus an deach am leaghan ath-fhilleadh a-mach gu tur.Chaidh na seòrsaichean snaidhte a sgaoileadh ann an 100 μl de 05% ACN agus chaidh na cruinneachaidhean a thomhas air Nigheorop 2000 (teirmo saidheansail).Chaidh timcheall air 1 μg de Pettlide translinked gach sampall a chuir a-steach don t-siostam LC / MS.
Luchdaich a 'phumpaidh sruthadh a chaidh a shuidheachadh aig 5 μl / mion 0.08% Acid Truffotaceic a chaidh a sgaoileadh ann an 2.5% ACN.Chaidh na seòrsaichean tar-cheangailte a sgaradh air colbh silica fo-inbhe le dàm 75 μm agus fad 150 mm, lìon Sònraiche 2 μM).Tha ìrean gluasadach A agus B ann an 0.1% FA ann an uisge agus 0.1% Fa ann an Acetonitrilele, fa leth.Bidh an caisead a 'tòiseachadh aig 2.5% B agus a' meudachadh sreathach gu 40% b thar 90 mionaid, an uairsin gu 90% b thairis air an ath 2 mhionaid.Chaidh an co-nochd ìre gluasadach a chumail aig 90% b airson 10 mionaidean agus an uairsin lùghdaich gu sreath gu sreathach ri 2.5% b thairis air 2 mhionaid.Bha an colbh cothrom aig 2.5% b airson 8 mionaidean ron ath chearcall.Chaidh òrdagan tar-cheangailte a chaidh a cheangal bhon cholbh anailis a chaidh fhuadach ann an stòr iochd-sgrùdadh nan ionettropray (nSi) ann an earraradh 480 mòr-sgrùdaidh (thrmo saidheansail).
Bha an Orbitrap a 'dèanamh an spreadhaidh 480 Adctrometer air a ruith anns a' mhodh co-èigneachaidh dàta Dàta Dàta.Chaidh làn scan a chluich ann am modh earrann aig rùn 120,000 le roghainnean raon bho m / z 350 th gu m / z 2000 th.Chaidh an targaid Coinneachaidh àbhaisteach a stèidheachadh aig 300% le ùine inntrigidh as àirde de 50ms.Chaidh lorgadh Peak Monoisotopic a stèidheachadh airson pempides.Chaidh neart dionic as ìsle den ro-leigheas a shuidheachadh gu 5.0e3 agus tha cosgais ro-làimh Pìosan suas gu +8 anns na deuchainnean.
Chaidh tomad d fiùghanta a chaidh a thoirt a-mach air ais gu 20 S às deidh a 'chiad bhriseadh den ion-roghnaich an Ion ath-chuairteachadh.Chaidh uinneag Iosagaltion an Ro -ùnair a chuir air dòigh gu 2 th.Chaidh an seòrsa lùth claon àbhaisteach le modh lùth stèidhichte le bualadh stèidhichte a thaghadh ann an dàta A-MHÀIN / MS MS Scan.Cumhachd tubaist deiseil gu 30%.Chaidh an rùn Orbitrap a shuidheachadh gu 15,000 agus an targaid Agc gu 100%.Tha an ùine in-stealladh àbhaisteach air a shuidheachadh gu 60 millisecods.
A bharrachd air an sin, chaidh mion-sgrùdaidhean dìonach coltach ri chèile a dhèanamh air sampaill fly-1 neo-1 gun cheangal agus gun làimhseachadh le IFNα.Chaidh dàta MS / MS a sgrùdadh ann an stòr-dàta Daonnt Daonna (www.umpiprot.org) (Chaidh luchdachadh suas Lùnastal 12, 2020, a bhith a 'cleachdadh an einnsean sgrùdaidh togte agus an einnsean sgrùdaidh togte agus an einnsean sgrùdaidh togte.Chaidh an rannsachadh a dhèanamh gun a bhith a 'nochdadh sònrachadh an enzyme agus diofar atharrachaidhean air-lagha (N, Q) agus oxidation (m).Chaidh tobraichean mòra ro-làimh a shuidheachadh aig 20 PMM agus ionadan toraidh aig 0.02 da.Chaidh an claonadh tùsail agus as motha a shuidheachadh gu 10 PMM.Chaidh a 'mhàs as motha den peptide a stèidheachadh aig 4600 da agus chaidh an sreath as coltaiche eadar 7 agus 25 AMINO (AA).Chaidh tuilleadh mion-sgrùdadh staitistigeil a chluich a 'cleachdadh a' Phrògraim SCESEUS (dreach 1.6.10.45).Chaidh susbaint pròtain a thomhas le bhith a 'gnàthachadh dian spectreil a' phròtain / iomadach LFQ; tomhas gun fhiosta) 27 agus chaidh na luachan dian atharrachadh gu Log2.Chaidh cruinneachadh rangachaidh de phròintich a chaidh a chomharrachadh leis an dian pechet aca a thogail a 'cleachdadh pasgan a' phasgan (v1.0.12) ann an R (v 4.1.2).Chaidh mion-sgrùdadh beairteas slighe a chluich a 'cleachdadh Stòr-dàta Slighe nan Reaccetme airson pròtanan IFNα a bha còrr air ceithir tursan air an cur an coimeas ri sampaill gun làimhseachadh.
Comharrachadh Lysine (k) no Serine (ean) Crossins Dòirt Pròbhlaidh a chaidh a sgrùdadh le LC-MS / MS a 'cleachdadh inneal aithneachaidh speactroscopic (Sim-XL) airson pepticidean tar-chruthaichte (Sim-xl) 29.An toiseach, chaidh eadar-obrachadh a dh 'fhaodadh a bhith ann eadar an Interferon-Contactrance Dealan (Idn) a chaidh a sgrùdadh le bhith a' cleachdadh stòran ialtagan pròta a chaidh a mhìneachadh ann am Padariya et al.28.Tha sgrìonadh a h-uile cumhachadh agus ath-chraoladh den fho-sgrìobhadh daonna gu h-iomlan, agus mar sin tha stòr-dàta aon-sgrìobhaidh daonna UNIK) (www.umprrot.org) (Luchdaich a-steach 12 Lùnastal 20 Lùnastal) an aghaidh ath-chraoladh air an làimhseachadh.Aon de na sìoltachain airson eadar-obrachaidhean àrd-luachrach.
Ann an Sim-xl, chaidh drss a chleachdadh airson The Tro Tharlinker (xl) agus chaidh gluasad cuideam luath is atharrachadh xl a shuidheachadh gu 138.06 agus 156.07, fa leth.Thathas a 'beachdachadh air na làraich ath-bhualadh tar-chuiridh a leanas: KK, KS agus LIVIME, às aonais ionser luchd-aithris.Chaidh an dà chuid ro-teachdaiche agus criomag PMP a chuir gu 20 agus chaidh stairsneach a 'chariaill a shuidheachadh gu 0.15.Bhathar den bheachd gu robh trypsin gu tur sònraichte, agus chaidh dòigh briseadh àrd-lùth (HCD) a bhuileachadh.Bha an stairsneach Lùghdachadh DBain Dimainic DBRR agus an àireamh as lugha de phempites airson lughdachadh dynamic DB air a shuidheachadh gu 2.5 agus 2, fa leth.Is iad paramadairean eile: coltachd monisotope agus stondoid stùc agus co-dhiù 4 fuigheall AA aig a 'char as lugha gach sreath agus cosgais as àirde, agus 3 an ìre as àirde de dhrannan a chaidh a chall.Chaidh na mapaichean 2D briste a dheasachadh ann an (SIM-XL) agus chaidh riochdachadh grafaigeach Xquest28 a chleachdadh gus na mapaichean 2D a thogail.Tha tartaichean prògachaidh air structaran pròtain air an toirt seachad ann am Pymol (Siostam Grafaigean Pymol, dreach 2.0 Schrödinger, LLC).
Chaidh structaran modail pròtain a chruthachadh a 'cleachdadh frithealaiche Phyre2 (http://www.bg.byne2)11 a' cleachdadh prionnsapalan a 'mhodhan holov "" Modh Haldov ".